日本有數千座以藥師如來為本尊的寺院。以下介紹幾座著名的寺院；參訪前請務必檢視官方網站。
奈良
- 藥師寺：相傳由天武天皇於680年發願建立。金堂供奉銅鑄藥師三尊像，藥師如來居中，日光、月光菩薩分立兩側，為日本國寶。
- 新藥師寺：建立於八世紀。木造藥師如來坐像四周，環立著泥塑十二神將，同為日本國寶。
京都及周邊
- 神護寺：平安時代的藥師如來立像，日本國寶。
- 東寺：金堂供奉一組高大的藥師三尊像。
- 比叡山延歷寺：最澄建立的根本中堂中，供奉著作為秘佛的藥師如來。
四十九藥師靈場巡禮
西國四十九藥師靈場成立於1989年，串聯奈良、京都、大阪等七個府縣的寺院。巡禮者常在朱印帳上收集各寺的御朱印。
規劃參訪
官方連結見服務與場所。若想帶回紀念品，可看看目錄中的日式佛像與朱印帳。
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