日本有数千座以药师如来为本尊的寺院。以下介绍几座著名的寺院；参访前请务必查看官方网站。
奈良
- 药师寺：相传由天武天皇于680年发愿创建。金堂供奉铜铸药师三尊像，药师如来居中，日光、月光菩萨分立两侧，为日本国宝。
- 新药师寺：创建于八世纪。木造药师如来坐像四周，环立着泥塑十二神将，同为日本国宝。
京都及周边
- 神护寺：平安时代的药师如来立像，日本国宝。
- 东寺：金堂供奉一组高大的药师三尊像。
- 比叡山延历寺：最澄创建的根本中堂中，供奉着作为秘佛的药师如来。
四十九药师灵场巡礼
西国四十九药师灵场成立于1989年，串联奈良、京都、大阪等七个府县的寺院。巡礼者常在朱印帐上收集各寺的御朱印。
规划参访
官方链接见服务与场所。若想带回纪念品，可看看目录中的日式佛像与朱印帐。
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