藥師佛短咒是藏傳佛教中最常持誦的咒語之一。經中另載有長咒（陀羅尼）。
原文
梵文：tadyathā oṃ bhaiṣajye bhaiṣajye mahābhaiṣajye bhaiṣajyarāja samudgate svāhā.
藏式讀音常聽作「爹雅他 嗡 貝堪澤 貝堪澤 瑪哈貝堪澤 拉雜 薩母嘎喋 梭哈」。
漢傳佛教中，常誦的是《藥師灌頂真言》：「南謨薄伽伐帝，鞞殺社，窶嚕薜琉璃，缽喇婆，喝囉闍也……」
逐詞釋義
- tadyathā：「即說咒曰」，引出咒語的套語。
- oṃ：神聖的起始音節。
- bhaiṣajye, bhaiṣajye：「藥啊，藥啊」。
- mahābhaiṣajye：「大藥」。
- bhaiṣajyarāja samudgate：「藥王，已出現者」或「崇高者」。
- svāhā：結尾套語，「願如是成就」。
修持之中
傳統上，持咒時手持念珠，觀想藍色的藥師佛，並將持誦功德迴向一切眾生的安樂。上師們強調，這是一種精神修持，而非治療。若想聆聽心咒，請看音樂與咒語；若想隨上師學習修持，請看服務與場所。
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